最近几年，混合蛋白报药约来越多了。有些是重组蛋白混合物，有些是天然提取蛋白混合物，有些是提取蛋白的简单纯化物。新药报批时如何评价这类药物，还有待深度探讨。

   从当前的案例来看，混合蛋白的鉴定基本上就是 非标记蛋白质组学技术（Label free），而且都是初期探索性研究，如何真正合理用到新药评价中，还有很多问题有待研究。

   从蛋白质组学发展历史来看，追求“鉴定蛋白数越多越好”，是很常态化的做法，这是发论文的一个优势的体现，比如被人鉴定5000个蛋白，你鉴定8000个蛋白，那你技术上算是有优势。至于这些蛋白是不是可靠，就没有被认真关注。原因是，当前的蛋白质组学关注点在“差异蛋白和差异倍数”，只需要选择你认为重要的蛋白进行功能性验证就完事了。极少数会验证实际蛋白的完整性等要点。毕竟，蛋白质组学鉴定的蛋白是数据库蛋白，与实际样品中的蛋白不能等同。

   复杂混合蛋白药物（我简称为“蛋白组药物”）如果作为生物药，个人认为要尽可能得到可靠的蛋白鉴定结果，宁少勿乱。如果为了追求鉴定多，而把核心筛选参数降低要求（比如独有肽段降到1个，单肽得分甚至小于1，等），多少感觉是自欺欺人，有害无益。

   2025年以来，我们尝试了“双向电泳（2DE）结合nanoLC-MS/MS”来鉴定【蛋白组药物】的构成，结果超出我此前的认知，1个斑点鉴定的蛋白数比我预期的还是有点多。根据我对蛋白质鉴定的认知，设置了较严格的筛选标准，结果表明，某斑点鉴定了19个蛋白（已排除Keratin）（图1），这些蛋白应该是比较靠谱的，但原则上还应该进一步开展验证研究。

   关于蛋白质组药物的相对定量，个人认为，蛋白水平要比肽段水平更真实、更有意义（以后用数据来讨论）。

【wkh, 2025-05-16 09:17:19】 【责任人 wkh】 [已阅读 137 次]